Anzunehmen ist, dass Emmy Scheyer von April 1895 an, als sie sechs Jahre alt war, die Städtische höhere Mädchenschule besuchte, die allgemein „Kleine Burg“ genannt wurde. Etwas Schriftliches darüber ist nicht bekannt. Auch ihre Freundinnen Valeska Heynemann, Elsa Daubert und Käte Brachvogel, die viel später Otto Ralfs heiratete, gingen auf diese Schule.

Im Laufe eines Schuljahres feierten die Schülerinnen und Lehrkräfte selbstverständlich die Geburtstage des Regenten Prinz Albrecht von Preußen und Sr. Majestät des Kaisers Wilhelm II., sowie den Sedantag. Einmal im Jahr durfte ein Ausflug in die Umgebung Braunschweigs gemacht, ein Schulfest in „Holsts Garten“ gefeiert und ein Konzert des Schülerinnenchors durchgeführt werden.

Emmy Scheyer und ihre Freundin Valeska Heynemann strolchten gerne in den engen Gassen und abenteuerlichen Hinterhöfen ihrer Fachwerkstadt herum, sie pflückten Blumen, wo sie nur konnten und packten mit an, wenn es galt, eine entgleiste Pferdebahn in ihre Gleise zurückzuschieben.

Wenn Emmy 1904/05 mit 27 Schülerinnen zusammen ihr obligatorisches zehntes Schuljahr absolvierte, hatte sie folgenden Unterricht: zwei Stunden Religion, je vier Stunden Deutsch (mit den Schwerpunkten Lessing, Goethe und Schiller), Französisch (mit einem Akzent auf Molière) und Englisch (wo Dickens und Shakespeare „drankamen“). Auf dem Plan standen ferner drei Stunden Geschichte, je zwei Stunden Erdkunde, Physik, Rechnen, Singen und Handarbeiten, eine Lektion Turnen und zwei Stunden Zeichnen. Ihr Lehrer in diesem Fach war der stadtbekannte Aquarellist Hans Herse, der in der Klasse I das Zeichnen von Blumen und die Grundzüge der Perspektive unterrichtete, aber in erster Linie an der Gewerbeschule (siehe 11) tätig war.

Am 14. April 1905, dem Tag vor ihrem 16. Geburtstag, verließ Emmy Scheyer die Schule „Kleine Burg“. Die dort eingerichtete Lehrerinnen-Ausbildung schloss sie nicht an, und das Abitur machte sie nicht. Wie es sich in der Kaiserzeit für Töchter aus „gutem Hause“ gehörte, ging sie nach der obligatorischen Schulzeit ein Jahr lang auf ein Internat. Familie Scheyer wählte das „Victoria-Pensionat in Dornholzhausen bei Bad Homburg für sie aus.